Het Willibrord Gymnasium maakt deel uit van Stichting Onderwijsgroep Oost-Brabant. Meer informatie over het college van bestuur en de raad van toezicht is te vinden op de website van Onderwijsgroep Oost-Brabant.
De schoolleiding op het Willibrord Gymnasium bestaat uit een rector en twee conrectoren.
Rector
Wim Timmermans
wim.timmermans@willibrordgymnasium.nl
Conrector
Iris Brugman
iris.brugman@willibrordgymnasium.nl
Conrector
Myrthe van Horik
myrthe.vanhorik@willibrordgymnasium.nl