Leerlingen van het Willibrord zijn betrokken bij het organiseren van allerlei activiteiten voor de leerlingen. Ze worden hierbij in een aantal gevallen ondersteund door een groep docenten. Voorbeelden zijn: organisatie sportdagen, schoolfeesten, MUZADA, Festi Willi en amfi-week. Ook maken de examenleerlingen het ‘Liber Amicorum’. De zesdeklassers nemen in stijl afscheid van school met een georganiseerde Laatste School Dag (LSD).
De leerlingen kunnen bij deze activiteiten ervaring opdoen in hun rol als organisator, producer, presentator et cetera.